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baseR_install.md

File metadata and controls

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安装与环境配置 {#baseR-install}

R 软件是一个自由、开源软件平台，具有统计分析、可视化和编程的强大功能。 你可以从这里免费下载。 为了更好的使用 R 软件，我推荐大家使用 RStudio这个 IDE。这里有个在线教程帮助我们熟悉 R 和 RStudio。

安装 R 和 Rstudio

R 软件是一个自由、开源软件平台，具有统计分析、可视化和编程的强大功能。

第一步安装 R

我们从官方网站http://cran.r-project.org免费下载。

以MS Windows操作系统为例。R的主网站在https://www.r-project.org/。 从CRAN的镜像网站下载软件，其中一个镜像如http://mirror.bjtu.edu.cn/cran/。 选“Download R for Windows-base-Download R 4.3.2 for windows” (4.3.2是版本号，应下载网站上给出的最新版本）链接进行下载。

第二步安装 R 编译工具

安装 R 编译工具用于在R中调用C、C++和Fortran程序代码时需要用的编译工具。

Windows

在“Download R for Windows”链接的页面， 除了base为R的安装程序，还有Rtools链接，需要安装。

macOS (compile R for macOS https://mac.R-project.org/tools)

This release uses Xcode 14.2/14.3 and GNU Fortran 12.2. If you wish to compile R packages which contain Fortran code, you may need to download the corresponding GNU Fortran compiler from https://mac.R-project.org/tools.

最好能够详细查看编译工具的说明（https://mac.R-project.org/tools），主要包含下面三个：

  • Xcode： the use of X11 (including tcltk) requires XQuartz (version 2.8.5 or later). Always re-install XQuartz when upgrading your macOS to a new major version

  • GNU Fortran compiler

  • OpenMP page （并行）

第三步安装 RStudio

为了更好的使用 R 软件，我推荐大家使用 RStudio IDE。因此，安装完 R 后，还需要安装 RStudio。 同样，我们从官方网站https://www.rstudio.com/download下载RStudio Desktop版并安装，如果你是苹果系统的用户，选择苹果系统对应的rstudio版本即可。

::: {.rmdnote} 这里重要提示：

  • 电脑开机时的用户名不要用中文，否则Rstudio会杠上中文用户名
  • 尽量安装在非系统盘，比如，可以选择安装在D盘
  • 安装路径不要有中文和空格。比如，这样就比较好
    • D:/R
    • D:/Rstudio

:::

配置~/.R/Makevars以及~/.zshrc (可选；单细胞数据分析时可能需要，至少在MacOS系统是需要的)

配置~/.R/Makevars使得R可以调用clang和openmp（请根据自己的系统来配置）

以下是我本人在MacOS系统中的配置：

LDFLAGS += -L/opt/homebrew/opt/libomp/lib -lomp

CPPFLAGS += -I/opt/homebrew/opt/libomp/include -Xpreprocessor -fopenmp

配置.zshrc使得R可以调用python module

配置anaconda，使得R可以调用python module。需要通过修改.zshrc 文件。

MacOS可以通过在terminal中输入open ~/.zshrc 来打开。

参考：https://superuser.com/questions/886132/where-is-the-zshrc-file-on-mac

必要的配置(可选)

为了让R和Rstudio 的运行更顺畅，可以做以下必要的设置

  • 宏包安装设置成国内镜像Tools > Global options

  • 如果打开代码是乱码，可以试试修改如下设置Tools > Global options

  • Windows系统中文用户名的问题

::: {.rmdnote}

当前Rstudio对中文支持不太好，如果windows系统用户名为中文，Rstudio安装完成后可能无法正常使用。这里有一个解决办法

  • 右键**我的电脑** -> 属性 -> 高级系统设置 -> 高级 -> 环境变量
  • 把TEMP 和TMP都修改为，C:\TEMP
  • 在C盘目录下创建文件夹TEMP
  • 重启Rstudio

:::

最好的办法是，用英文注册一个新用户，在新用户名下，重新安装R和Rstudio

包的安装与加载

R 语言的强大还在于各种宏包，一般在The Comprehensive R Archive Network (CRAN)、Bioconductor和Github下载安装。

可以用如下命令安装宏包:

  • 从CRAN安装和加载单个包
install.packages("tidyverse")
library(tidyverse)
  • 从Bioconductor安装单个包
install.packages("BiocManager")
BiocManager::install("clusterProfiler")
  • 从Github安装单个包
install.packages("devtools")
devtools::install_github("jinworks/CellChat")
  • 从source codes安装单个包

下载源代码（需要是.tar.gz文件），然后在Rstudio中输入

install.packages(path_to_file, type = 'source', rep = NULL) # The path_to_file would represent the full path and file name

请参考R建包网页从source codes编译、安装 单个包.

  • 安装多个包
my_packages <- c("tidyvers", "patchwork", "readxl", "devtools", "knitr")
install.packages(my_packages)

开始

安装完毕后，从windows开始菜单，点开rstudio图标，就打开了rstudio的窗口，界面效果如下

RStudio 的用户界面十分友好，

  • 左上角是Editor窗口，负责编写代码
  • 左下角是Console窗口，可以键入命令
  • 右上角是Environment和History窗口，保存当前存储的数据和历史命令记录等
  • 右下角是Plot和Help窗口，用于显示绘制图片和帮助文档

想要运行一段R代码，可以在Console内键入 R 代码，然后回车即可。比如我们键入1 + 1 并按回车后，将显示如下结果

1 + 1
## [1] 2

脚本

运行代码最好的方法是，通过Rstudio菜单栏依此点击File > New File > R Script 来创建一个新的脚本。脚本文件通常以.R作为文件的后缀名。脚本文件的好处在于我们可以在其它时间修改和重新运行它。养成用脚本写代码的习惯后，今后所有的工作都有案可查，并且具有可重复性。

如何运行脚本呢？方法有很多

  • 按住Ctrl键，然后按回车键Enter，可以运行光标所在行的代码
  • 点击 Run, 运行光标所在行的代码
  • 点击 Source，从头到尾运行当前脚本全部代码
  • 鼠标选中多行代码，然后点击 Run或者Ctrl + Enter

注释

可以让阅读者更易理解代码，一般会在脚本中添加注释，R 语言注释符号为 #。 注释会被编译器忽略掉，不会影响代码的执行。

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