reference-keys.txt

fig:unnamed-chunk-18
fig:tidyverse-workflow-2
fig:common-aesthetics
fig:ggplot2-aes2-5
fig:unnamed-chunk-12
fig:unnamed-chunk-1
fig:unnamed-chunk-2
fig:ggplot-aesthetics-cheatsheet
fig:lincoln-temp-points-errorbars
fig:boxplot-schematic
fig:lincoln-temp-boxplots
fig:ggplot2-academic-3
fig:ggplot2-academic-4
fig:lincoln-temp-violins
fig:lincoln-temp-all-points
fig:lincoln-temp-jittered
fig:lincoln-temp-sina
fig:temp-ridgeline
fig:temp-ridgeline-colorbar
fig:unnamed-chunk-16
tab:tables-mtcars
baseR-intro-ds
r语言的特点
r能干什么
数据科学流程
tidyverse家族
r-tidyverse-四大优势
推荐资料
教程
r-语言社区推荐
baseR-install
安装-r-和-rstudio
第一步安装-r
第二步安装-r-编译工具
windows
macos-compile-r-for-macos-httpsmac.r-project.orgtools
第三步安装-rstudio
配置.rmakevars以及.zshrc-可选单细胞数据分析时可能需要至少在macos系统是需要的
配置.rmakevars使得r可以调用clang和openmp请根据自己的系统来配置
配置.zshrc使得r可以调用python-module
必要的配置可选
包的安装与加载
开始
脚本
注释
baseR-objects
对象的创建与使用
变量命名规则
对象属性
baseR-vectors
聚合成新向量
命名向量named-vector
数值型向量
字符串型向量
逻辑型向量
因子型向量
小结
习题
baseR-data-structure
矩阵
矩阵的属性
列表
列表的属性
数据框
数据框的属性
小结-1
习题-1
baseR-operators
算术运算符
循环补齐recycling
关系运算符
逻辑运算符
其他运算符
特殊值
习题-2
baseR-functions
基础函数
向量的函数
课堂练习
自定义函数
使用宏包的函数
安装宏包与使用宏包
指定函数的所属宏包
如何获取帮助
习题-3
阅读
baseR-functions-adv
灵活的语法
多个参数
条件语句
返回多个结果
更多
baseR-subsetting
向量
列表-1
矩阵-1
数据框-1
like-a-list
like-a-matrix
增强型数据框
作业
tidyverse-readr
数据科学中的文件管理
文件夹命名
项目文件结构
读取文件
文件路径
here-宏包
范例
乱码情形
tidyverse-dplyr
新增一列-mutate
管道
向量函数与mutate
保存为新的数据框
选取列-select
修改列名-rename
筛选-filter
常见的错误
逻辑算符
统计汇总-summarise
分组统计-group_by
排序-arrange
左联结-left_join
右联结-right_join
满联结-full_join
内联结inner_join
筛选联结
习题-4
延伸阅读
tidyverse-dplyr-apply
导入数据
变量含义
简单回顾
选择bill_开始的列
选择_mm结尾的列
选择含有length的列
选择数值型的列
选择字符串类型的列
选择字符串类型以外的列
可以用多种组合来选择
返回向量还是数据框
选择全部为0的列
寻找男企鹅
更多应用
弱水三千只取一瓢
嘴峰长度最大那一行
separate
unite
distinct
有关na的计算
寻找企鹅中的胖子
给企鹅身材分类
每种类型企鹅有多少只
强制转换
across之美
across函数
数据中心化
数据标准化
多列多个统计函数
tidyverse-tidyr
提问
宽表格变成长表格
长表格变成宽表格
列名转换成多个变量
复杂的情形
tidy-data原则
案例
tidyverse-tidyr2
fill-缺失值填充
expand-与-complete
expand_grid-与-crossing
separate-与-unite
删除缺失值所在行drop_na与replace_na
tidyverse-stringr
问题
什么是正则表达式
字符串基础
字符串长度
字符串组合
字符串取子集
使用正则表达式进行模式匹配
基础匹配
锚点
字符类与字符选项
重复
分组与回溯引用
大小写敏感
解决实际问题
确定一个字符向量是否匹配一种模式
确定匹配的位置
提取匹配的内容
替换匹配内容
拆分字符串
进阶部分
look-ahead
look-behind
案例分析
案例1
案例2
案例3
案例4
案例5
案例6
案例7
回答提问
tidyverse-tibble
tidyverse-家族
人性化的tibble
tibble-与-data.frame
tibble数据操作
创建tibble
转换成tibble类型
data.frame转换成tibble
vector转型到tibble
把list转型为tibble
把matrix转型为tibble
tibble简单操作
有用的函数lst
有用的函数enframe
有用的函数deframe
读取文件-1
关于行名
修复列名
list-columns-列表列
nested-tibble
creating
tidyrnest
tidyrsummarise
dplyrmutate
unnesting
manipulating
延伸阅读-1
tidyverse-workflow
readr-宏包
tibble-宏包
ggplot2-宏包
查看数据
散点图
箱线图
dplyr-宏包
选取列
行方向排序
分组统计
增加列
筛选
forcats-宏包
stringr-宏包
字符串转换
字符串合并
tidyr-宏包
长表格变宽表格
宽表格变长表格
purrr-宏包
tidyverse-ggplot2-aes
什么是数据可视化
图形属性视觉元素
宏包ggplot2
ggplot2-的图形语法
怎么写代码
映射
嘴巴越长嘴巴也会越厚
映射-vs.设置
提问-1
几何形状
图层叠加
global-vs.-local
图层之间没有继承关系
保存图片
画图时要注意因子变量
画多个子图
课堂作业
小结-2
延伸阅读-2
tidyverse-ggplot2-geom
一个有趣的案例
学习目标
图形语法
图形部件
开始-1
导入数据-1
检查数据
基本绘图
柱状图
直方图
频次图
密度图
箱线图-1
抖散图
山峦图
散点图-1
点线图
分面
facet_grid
facet_wrap
文本标注
errorbar图
椭圆图
d-密度图
马赛克图
课后思考题
参考资料
tidyverse-ggplot2-scales
标度
图形属性和变量类型
坐标轴和图例是同样的东西
丰富的标度体系
案例详解
用标度还是主题
作业-1
参考资料-1
tidyverse-ggplot2-theme
图表整体元素
坐标轴元素
面板元素
图例元素
分面元素
案例-1
小结-3
主题风格
提问-2
tidyverse-ggplot2-guides
图例系统
案例详解-1
删除其中一个图例
合并图例
小结-4
tidyverse-ggplot2-customize
你喜欢哪个图
定制
标签
定制颜色
组合图片
cowplot
高亮某一组
ggplot2方法
gghighlight方法
d效果
弯曲文本
函数图
字体
latex公式
coord_cartesian-与-scale_x_continuous
练习
tidyverse-ggplot2-stat-layer
导言
为何及何时使用统计图层
小结-5
用-stat_summary-理解统计图层
小结-6
使用统计图层
包含95置信区间的误差棒
带有彩色填充色的柱状图
大小变化的点线图
总结
主要结论
stat-vs.-geom-or-stat-and-geom
tidyverse-ggplot2-from-layer-to-geom
图层的五大元素
加载宏包
stat_identity
stat_count
stat_bin
stat_density
stat_boxplot
stat_ydensity
stat_bindot
stat_sum
stat_smooth
stat_bin_2d
stat_bin_hex
stat_density_2d
先看看有等高线的情形
看看无等高线的情形
stat_ellipse
stat_summary
自定义函数-1
添加文本
更多-1
stat_summary_bin
stat_function
stat_spoke
stat_quantile
stat_summary_2d
测试
stat_summary_hex
stat_contour-and-stat_contour_filled
课后作业
tidyverse-ggplot2-colors
可视化颜色
修改ggplot2中的颜色
use-gray-colors
continuous-colors
colorbrewer配色包
use-rcolorbrewer-palettes
配色建议
color-wheel
colorspace配色包
配色模板
在ggplot2中使用
使用案例1
使用案例2
tidyverse-ggplot2-override-aes
使用override.aes的缘由
使用guides函数
使用scale_函数
调整多个美学参数
压缩图例中一部分美学映射
组合两个图层的图例
借鸡下蛋
赋予新的图例符号
控制多个图例的外观
课后作业-1
参考
tidyverse-ggplot2-aes-eval
tidyverse-ggplot2-academic
统计分布图
points-errorbars
箱线图-2
小提琴图
sina-图
山峦图-1
有颜色山峦图
简单回顾-1
说明
tidyverse-ggplot2-gganimate
为什么要使用动图
gganimate宏包
先来一张静态图
相对复杂点的例子
the-grammar-of-animation
希望动画随哪个变量动起来
transition_states
transition_time
transition_reveal
transition_filter
transition_layers
其他
希望坐标轴随数据动起来
view_follow
其它
希望动画有个记忆
shadow_wake
shadow_trail
shadow_mark
定义新数据出现和旧数据退去的方式
enterexit_fade
enter_growexit_shrink
控制变化的节奏
标签-1
保存
renderer-options
常用方法
案例演示一
案例演示二
常规的方法
炫酷点的
案例演示三
课后作业-2
作业1
作业2
tidyverse-ggplot2-pass-function-as-parameters
data可以是一个函数
标度-scale_-中的参数可以接受函数作为参数值
limits
breaks
labels
oob
geom_histogram中的binwidth
geom_text中的-hjust
stat_summary中的fun和fun.data
theme中element_text
facet_wrap中的labeller
使用as_labeller
多个分组变量
stat_function-1
stat-layer
未完待续
tidyverse-rmarkdown
什么是rmarkdown
markdown-基本语法
elements-of-rmarkdown
r-code-chunks
生成html文档
生成word文档
生成pdf文档
使用方法
插入公式
插入图片
运行代码
表格
生成图片
文本内计算
案例代码
延伸阅读-3
eda-practice
day01
day02
day03
day04
day05
day06
day07
day08
day09
day10
day11
day12
day13
day14
day15
day16
day17
day18
day19
day20
day21
day22
day23
day24
day25
day26
day27
GO-KEGG
功能富集分析介绍
使用clusterprofiler做功能富集分析