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hdf5.md

File metadata and controls

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Installation de HDF5

Sous Linux

L'installation de HDF5 peut se faire par le gestionnaire de paquet ou par les sources. Ici je préfère le faire par les sources pour faire une installation personnalisée.

  • Commencer par télécharger HDF5 10 depuis cette adresse dans le dossier de votre choix.

  • Décompressez l'archive là où vous souhaitez installer MPICH.

  • Rentrer dans le dossier tout juste décompressé qui contient les sources

cd hdf5-1.10.*
  • Créer un dossier du nom de build
mkdir build
  • Ne rentrez pas dans build. Récupérer le chemin absolu vers le dossier hdf5 en faisant pwd:
pwd
  • Depuis la racine du dossier hdf5-1.10.* (là où vous êtes normalement), lancer cette commande qui permet de préparer la compilation :
CC=mpicc FC=mpifort ./configure --enable-parallel --enable-fortran --prefix=<chemin absolu vers hdf5-1.10.*>/build/
  • Puis dans le même terminal, vous allez maintenant compiler le code :
make -j 4
  • Puis finaliser l'installation
make install
  • Les fichiers fraichement compilés sont maintenant dans /build. On y trouve les bin, les lib et les include qu'il va falloir passer au système. Pour cela, on va créer un fichier configuration dans build que l'on sourcera pour mettre à jour le système
export HDF5_HOME=<chemin absolu vers le dossier build>
export HDF5_DIR=$HDF5_HOME
export PATH=$HDF5_HOME/bin:$PATH
export LD_LIBRARY_PATH=$HDF5_HOME/lib:$LD_LIBRARY_PATH
  • Pour mettre à jour le terminal courant, faites un source de ce fichier.
source <chemin absolu vers build>/configuration

Cela met à jour uniquement le terminal courant, vous devez répéter cette opération à chaque nouveau terminal ouvert.

  • Pour mettre votre système à jour pour n'importe quel terminal automatiquement, vous pouvez rajouter la commande source dans le fichier ~/.bashrc.