how-to-site.Rmd

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author: "José R. Ferrer Paris"
title: "Como recrear éstas páginas"
editor_options: 
  chunk_output_type: console
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# Flexdashboard + iNaturalist

iNat-obs-dashboard se inspira en este ejemplo:
https://github.com/gonzalobravoargentina/inat_flexdashboard_ARG

Este proyecto funciona con RStudio y Rmarkdown. Existen alternativas para desarrollar tableros informativos con Quarto y Jupyter Notebooks, pero no las he explorado todavía.

## Preparar los datos

### Descargar datos de iNaturalist

Primero instalo el paquete `rinat`:

```{r}
here::i_am("how-to-site.qmd")
if (!require(rinat)) {
  install.packages("rinat")
  library(rinat)
}
```

A continuación, descargo las observaciones en iNaturalist para mi usuario, y las guardo en la carpeta `data` en formato `RDS`:

```{r}
user_obs <- get_inat_obs_user("NeoMapas",maxresults = 5000)
if (!dir.exists(here::here("data")))
    dir.create(here::here("data"))
file_name <- here::here("data","iNaturalist-obs-NeoMapas.rds")
saveRDS(file=file_name, user_obs)

```

### Datos geoespaciales de NeoMaps

Igualmente, instalo el paquete `dataverse`:

```{r}
if (!require(dataverse)) {
  install.packages("dataverse")
  library(dataverse)
}
```

Luego escribo una función para verificar y descargar archivos del repositorio de `dataverse`:

```{r}
library(dplyr)

dataverse_download <- function(repo, arch, localdir="data") {
  if (!dir.exists(here::here(localdir)))
    stop("Carpeta inalcanzable")
  destino <- here::here(localdir, arch)
  if (file.exists(destino)) {
    message("Ya existe un archivo con ese nombre/ubicación")
  } else {
    as_binary <- get_file_by_name(
      filename = arch,
      dataset = repo)
    writeBin(as_binary, destino)
  }
}
```

Esta función sirve para descargar archivos identificados por el código (DOI) del reposiorio y el nomber del archivo.

```{r}
dataverse_download(repo = "10.7910/DVN/IME0M5", 
                     arch = "VBG.gpkg")
```


### Logo

Usamos `wget` e ImageMagick para descargar y ajustar el tamaño del logo que usamos en el tablero. Estas dos líneas de código se ejecutan en el terminal (yo uso `bash` o `zsh`):

```sh
##mkdir 
wget https://neomapas.github.io/img/logo_NeoMapas_p.gif
magick logo_NeoMapas_p.gif  -resize 100x148  NeoMapas_logo_100x.gif
```

## Generar HTML

Optiones:
- Con Rstudio, usar el botón de `Knit` o similar.
- Desde una sesión de R: `rmarkdown::render('index.Rmd')`
- Desde el terminal con Rscript: `Rscript -e "rmarkdown::render('index.Rmd')"`