-
Notifications
You must be signed in to change notification settings - Fork 0
/
Copy pathHoeken_Analyse.Rmd
349 lines (265 loc) · 13.8 KB
/
Hoeken_Analyse.Rmd
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15
16
17
18
19
20
21
22
23
24
25
26
27
28
29
30
31
32
33
34
35
36
37
38
39
40
41
42
43
44
45
46
47
48
49
50
51
52
53
54
55
56
57
58
59
60
61
62
63
64
65
66
67
68
69
70
71
72
73
74
75
76
77
78
79
80
81
82
83
84
85
86
87
88
89
90
91
92
93
94
95
96
97
98
99
100
101
102
103
104
105
106
107
108
109
110
111
112
113
114
115
116
117
118
119
120
121
122
123
124
125
126
127
128
129
130
131
132
133
134
135
136
137
138
139
140
141
142
143
144
145
146
147
148
149
150
151
152
153
154
155
156
157
158
159
160
161
162
163
164
165
166
167
168
169
170
171
172
173
174
175
176
177
178
179
180
181
182
183
184
185
186
187
188
189
190
191
192
193
194
195
196
197
198
199
200
201
202
203
204
205
206
207
208
209
210
211
212
213
214
215
216
217
218
219
220
221
222
223
224
225
226
227
228
229
230
231
232
233
234
235
236
237
238
239
240
241
242
243
244
245
246
247
248
249
250
251
252
253
254
255
256
257
258
259
260
261
262
263
264
265
266
267
268
269
270
271
272
273
274
275
276
277
278
279
280
281
282
283
284
285
286
287
288
289
290
291
292
293
294
295
296
297
298
299
300
301
302
303
304
305
306
307
308
309
310
311
312
313
314
315
316
317
318
319
320
321
322
323
324
325
326
327
328
329
330
331
332
333
334
335
336
337
338
339
340
341
342
343
344
345
346
347
348
349
---
title: "Hoeken_Analyse"
author: "Sander Devisscher"
date: "`r format(Sys.time(), '%d %B, %Y')`"
output:
word_document: default
pdf_document: default
html_document: default
---
```{r setup, include=FALSE}
knitr::opts_chunk$set(echo = TRUE)
```
```{r libraries, include=FALSE}
library(multcompView)
library(dplyr)
library(scales)
library(magrittr)
library(tidyverse)
```
```{r, include=FALSE}
hoeken_data_compiled <- read_delim("./Intermediate/hoeken_data_compiled.csv",
";", escape_double = FALSE, trim_ws = TRUE)
hoeken_data_compiled <- hoeken_data_compiled %>%
filter(!is.na(larven))
```
# 1. Analyse
## 1.1. Hypotheses
1. Het verhogen van het net vergroot de vangkans van Post-Metamorfen
2. Het plaatsen van een fuik in een hoek vergroot de vangkans van Post-Metamorfen
3. Het plaatsen van een fuik parallel aan de oever vergroot de vangkans van larven
## 1.2. Beschrijvende statistiek
### 1.2.1. Algemene gegevens
#### 1.2.1.1. Histogram
```{r Histogram, echo=FALSE}
p <- ggplot(hoeken_data_compiled, aes(x = totaal))+
geom_histogram(bins = max(hoeken_data_compiled$totaal)/10)+
xlab("gevangen stierkikkers")+
ylab("# fuiken")
print(p)
```
#### 1.2.1.2. Tabel
```{r tabel per stadium, include=FALSE}
n <- nrow(hoeken_data_compiled)
n_adult <- sum(!is.na(hoeken_data_compiled$adult) & hoeken_data_compiled$adult != 0)
n_larven <- sum(!is.na(hoeken_data_compiled$larven) & hoeken_data_compiled$larven != 0)
n_metamorfen <- sum(!is.na(hoeken_data_compiled$metamorf) & hoeken_data_compiled$metamorf != 0)
perc_adult <- percent(n_adult/n, accuracy = 0.01)
perc_larven <- percent(n_larven/n, accuracy = 0.01)
perc_metamorf <- percent(n_metamorfen/n, accuracy = 0.01)
max_adult <- max(hoeken_data_compiled$adult)
max_larven <- max(hoeken_data_compiled$larven)
max_metamorfen <- max(hoeken_data_compiled$metamorf)
mean_adult <- round(mean(hoeken_data_compiled$adult),2)
mean_larven <- round(mean(hoeken_data_compiled$larven),2)
mean_metamorfen <- round(mean(hoeken_data_compiled$metamorf),2)
med_adult <- round(median(hoeken_data_compiled$adult[hoeken_data_compiled$adult!=0]),2)
med_larven <- round(median(hoeken_data_compiled$larven[hoeken_data_compiled$larven!=0]),2)
med_metamorfen <- round(median(hoeken_data_compiled$metamorf[hoeken_data_compiled$metamorf!=0]),2)
```
Fuiken met hoek en/of net verhoging info: `r n`
| |Succesvolle vangsten^1^|% fuiken |Grootste vangst |Gemiddelde vangst |Mediane vangst |
|-----------|:-------------------:|:----------------:|:----------------:|:-----------------:|:-----------------:|
| larven | `r n_larven` |`r perc_larven` | `r max_larven` |`r mean_larven`|`r med_larven`|
| metamorfen| `r n_metamorfen` |`r perc_metamorf` |`r max_metamorfen`|`r mean_metamorfen`|`r med_metamorfen`|
| adult | `r n_adult` |`r perc_adult` |`r max_adult` |`r mean_adult`|`r med_adult`|
^1^ _fuik met minstens 1 gevangen exemplaar._
### 1.2.2. Net verhoogd of niet
#### 1.2.2.1. Histogram
```{r Histogram_NV, echo=FALSE}
p <- ggplot(hoeken_data_compiled, aes(x = totaal, fill = net_verhoogd))+
geom_histogram(bins = max(hoeken_data_compiled$totaal)/10)+
xlab("gevangen stierkikkers")+
ylab("# fuiken")
print(p)
```
#### 1.2.2.2. Tabel
```{r data subsets,include=FALSE}
#Larven
hoeken_data_larven <- hoeken_data_compiled %>%
filter(larven != 0)
#Metamorfen
hoeken_data_metamorf <- hoeken_data_compiled %>%
filter(metamorf != 0)
hoeken_data_adult <- hoeken_data_compiled %>%
filter(adult != 0)
table(hoeken_data_larven$net_verhoogd, useNA = "ifany")
```
```{r tabel per net verhoogd, include=FALSE}
stadia <- c("larven", "metamorf", "adult")
n_net <- sum(!is.na(hoeken_data_compiled$net_verhoogd))
n_nv <- sum(hoeken_data_compiled$net_verhoogd == TRUE, na.rm = TRUE)
n_nnv <- sum(hoeken_data_compiled$net_verhoogd == FALSE, na.rm = TRUE)
for(s in stadia){
fn <- paste0("hoeken_data_", s)
fn2 <- paste0("nv_", s)
fn3 <- paste0("nnv_", s)
data <- get(fn)
nv_data <- data %>%
rename(n = s) %>%
filter(net_verhoogd==TRUE) %>%
summarise(max = max(n, na.rm = TRUE),
mean = mean(n, na.rm = TRUE),
med = median(n, na.rm = TRUE),
n = n(),
perc = percent(n/n_nv, accuracy = 0.01))
nnv_data <- data %>%
rename(n = s) %>%
filter(net_verhoogd==FALSE) %>%
summarise(max = max(n, na.rm = TRUE),
mean = mean(n, na.rm = TRUE),
med = median(n, na.rm = TRUE),
n = n(),
perc = percent(n/n_nnv, accuracy = 0.01))
assign(fn2, nv_data)
assign(fn3, nnv_data)
}
```
Fuiken met net verhoging info: `r n_net` (`r percent(n_net/n, accuracy = 0.01)` van fuiken met hoek en/of net verhoging info).
Het net werd verhoogd bij `r n_nv` (`r percent(n_nv/n_net, accuracy = 0.01)`) van de fuiken met net verhoging info
en _niet_ verhoogd bij `r n_nnv` (`r percent(n_nnv/n_net, accuracy = 0.01)`) van de fuiken met net verhoging info.
##### 1.2.2.2.A. Larven
| |Succesvolle vangsten^1^| % fuiken² |Grootste vangst |Gemiddelde vangst |Mediane vangst |
|-----------------|:-------------------:|:----------------:|:-----------------:|:-----------------:|:-----------------:|
|Net verhoogd | `r nv_larven$n` |`r nv_larven$perc`|`r nv_larven$max` |`r nv_larven$mean` |`r nv_larven$med`|
|Net _niet_ verhoogd| `r nnv_larven$n` |`r nnv_larven$perc`|`r nnv_larven$max`|`r nnv_larven$mean`|`r nnv_larven$med`|
##### 1.2.2.2.B. Metamorfen
| |Succesvolle vangsten^1^|% fuiken² |Grootste vangst |Gemiddelde vangst |Mediane vangst |
|-----------------|:-------------------:|:----------------:|:-----------------:|:-----------------:|:-----------------:|
|Net verhoogd | `r nv_metamorf$n` |`r nv_metamorf$perc`|`r nv_metamorf$max` |`r nv_metamorf$mean`|`r nv_metamorf$med`|
|Net _niet_ verhoogd| `r nnv_metamorf$n` |`r nnv_metamorf$perc`|`r nnv_metamorf$max`|`r nnv_metamorf$mean`|`r nnv_metamorf$med`|
##### 1.2.2.2.C. Adulten
| |Succesvolle vangsten^1^|% fuiken² |Grootste vangst |Gemiddelde vangst |Mediane vangst |
|-----------------|:-------------------:|:----------------:|:-----------------:|:-----------------:|:-----------------:|
|Net verhoogd | `r nv_adult$n` |`r nv_adult$perc`|`r nv_adult$max` |`r nv_adult$mean`|`r nv_adult$med`|
|Net _niet_ verhoogd| `r nnv_adult$n` |`r nnv_adult$perc`|`r nnv_adult$max`|`r nnv_adult$mean`|`r nnv_adult$med`|
^1^ _fuik met minstens 1 gevangen exemplaar._
² _aandeel succesvolle fuiken ten opzichte van het aantal fuiken dat volgens de beschreven manier geplaatst werd._
### 1.2.3. Hoeken
#### 1.2.3.1. Histogram
```{r Histogram_Hoek, echo=FALSE}
p <- ggplot(hoeken_data_compiled, aes(x = totaal, fill = hoek))+
geom_histogram(bins = max(hoeken_data_compiled$totaal)/10)+
xlab("gevangen stierkikkers")+
ylab("# fuiken")
print(p)
```
#### 1.2.3.2. Tabel
```{r tabel per hoek, include=FALSE}
stadia <- c("larven", "metamorf", "adult")
n_hoek <- sum(!is.na(hoeken_data_compiled$hoek))
n_par <- sum(hoeken_data_compiled$hoek == "00°", na.rm = TRUE)
n_mid <- sum(hoeken_data_compiled$hoek == "45°", na.rm = TRUE)
n_lood <- sum(hoeken_data_compiled$hoek == "90°", na.rm = TRUE)
for(s in stadia){
fn <- paste0("hoeken_data_", s)
fn2 <- paste0("par_", s)
fn3 <- paste0("mid_", s)
fn4 <- paste0("lood_", s)
data <- get(fn)
par_data <- data %>%
rename(n = s) %>%
filter(hoek=="00°") %>%
summarise(max = max(n, na.rm = TRUE),
mean = mean(n, na.rm = TRUE),
med = median(n, na.rm = TRUE),
n = n(),
perc = percent(n/n_par, accuracy = 0.01))
lood_data <- data %>%
rename(n = s) %>%
filter(hoek=="90°") %>%
summarise(max = max(n, na.rm = TRUE),
mean = mean(n, na.rm = TRUE),
med = median(n, na.rm = TRUE),
n = n(),
perc = percent(n/n_lood, accuracy = 0.01))
mid_data <- data %>%
rename(n = s) %>%
filter(hoek=="45°") %>%
summarise(max = max(n, na.rm = TRUE),
mean = mean(n, na.rm = TRUE),
med = median(n, na.rm = TRUE),
n = n(),
perc = percent(n/n_mid, accuracy = 0.01))
assign(fn2, par_data)
assign(fn3, mid_data)
assign(fn4, lood_data)
}
```
Fuiken met hoek info: `r n_hoek` (`r percent(n_hoek/n, accuracy = 0.01)` van fuiken met hoek en/of net verhoging info).
`r n_par` (`r percent(n_par/n_hoek, accuracy = 0.01)`) van de fuiken met hoek info werd parallel met de oever geplaatst,
`r n_mid` (`r percent(n_mid/n_hoek, accuracy = 0.01)`) van de fuiken werd onder een hoek van 45° geplaatst en
`r n_lood` (`r percent(n_lood/n_hoek, accuracy = 0.01)`) van de fuiken werd loodrecht op de oever geplaatst.
#### 1.2.3.2.A. Larven
| |Succesvolle vangsten^1^| % fuiken² |Grootste vangst |Gemiddelde vangst |Mediane vangst |
|-----------------|:-------------------:|:----------------:|:-----------------:|:-----------------:|:-----------------:|
|00° | `r par_larven$n` |`r par_larven$perc`|`r par_larven$max` |`r par_larven$mean`|`r par_larven$med`|
|45° | `r mid_larven$n` |`r mid_larven$perc` |`r mid_larven$max`|`r mid_larven$mean` |`r mid_larven$med`|
|90° | `r lood_larven$n` |`r lood_larven$perc` |`r lood_larven$max`|`r lood_larven$mean`|`r lood_larven$med`|
#### 1.2.3.2.B. Metamorfen
| |Succesvolle vangsten^1^| % fuiken² |Grootste vangst |Gemiddelde vangst |Mediane vangst |
|-----------------|:-------------------:|:----------------:|:-----------------:|:-----------------:|:-----------------:|
|00° |`r par_metamorf$n`|`r par_metamorf$perc`|`r par_metamorf$max`|`r par_metamorf$mean`|`r par_metamorf$med`|
|45° |`r mid_metamorf$n`|`r mid_metamorf$perc`|`r mid_metamorf$max`|`r mid_metamorf$mean`|`r mid_metamorf$med`|
|90° |`r lood_metamorf$n`|`r lood_metamorf$perc`|`r lood_metamorf$max`|`r lood_metamorf$mean`|`r lood_metamorf$med`|
#### 1.2.3.2.C. Adulten
| |Succesvolle vangsten^1^| % fuiken² |Grootste vangst |Gemiddelde vangst |Mediane vangst |
|-----------------|:-------------------:|:----------------:|:-----------------:|:-----------------:|:-----------------:|
|00° |`r par_adult$n`|`r par_adult$perc`|`r par_adult$max`|`r par_adult$mean`|`r par_adult$med`|
|45° |`r mid_adult$n`|`r mid_adult$perc`|`r mid_adult$max`|`r mid_adult$mean`|`r mid_adult$med`|
|90° |`r lood_adult$n`|`r lood_adult$perc`|`r lood_adult$max`|`r lood_adult$mean`|`r lood_adult$med`|
^1^ _fuik met minstens 1 gevangen exemplaar._
² _aandeel succesvolle fuiken ten opzichte van het aantal fuiken dat volgens de beschreven manier geplaatst werd._
### 1.2.4. Facet Boxplot
```{r Boxplot, echo=FALSE, fig.width=8}
hoeken_data_compiled_2 <-hoeken_data_compiled %>%
select(-UUID) %>%
gather(key = stadium, value = n, -net_verhoogd, -hoek)
p <- ggplot(hoeken_data_compiled_2, aes(x = net_verhoogd, y = n, fill = hoek))+
geom_boxplot() +
facet_wrap("stadium", scales = "free") +
xlab("tussennet verhoogd") +
ylab("gevangen stierkikkers")
print(p)
```
## 1.3. Anova
### 1.3.1. Resultaten
```{r hoek analyses, echo=FALSE}
print("net verhogen en hoek hebben een invloed op de vangstkans van post-metamorfen")
model1 <- lm(hoeken_data_compiled$post_metamorf ~ as.factor(hoeken_data_compiled$net_verhoogd) + as.factor(hoeken_data_compiled$hoek))
anova1 <- aov(model1)
summary(anova1)
## Turkey post-hoc
TukeyHSD(anova1)
print("net verhogen en hoek hebben een invloed op de vangstkans van adulten")
model2 <- lm(hoeken_data_compiled$adult ~ as.factor(hoeken_data_compiled$net_verhoogd) + as.factor(hoeken_data_compiled$hoek))
anova2 <- aov(model2)
summary(anova2)
## Turkey post-hoc
TukeyHSD(anova2)
print("net verhogen en hoek hebben een invloed op de vangstkans van metamorfen")
model3 <- lm(hoeken_data_compiled$metamorf ~ as.factor(hoeken_data_compiled$net_verhoogd) + as.factor(hoeken_data_compiled$hoek))
anova3 <- aov(model3)
summary(anova3)
## Turkey post-hoc
TukeyHSD(anova3)
print("net verhogen en hoek hebben een invloed op de vangstkans van larven")
model4 <- lm(hoeken_data_compiled$larven ~ as.factor(hoeken_data_compiled$net_verhoogd) + as.factor(hoeken_data_compiled$hoek))
anova4 <- aov(model4)
summary(anova4)
## Turkey post-hoc
TukeyHSD(anova4)
#=>
print("net verhogen en hoek hebben een invloed op de algemene vangstkans")
model5 <- lm(hoeken_data_compiled$totaal ~ as.factor(hoeken_data_compiled$net_verhoogd) + as.factor(hoeken_data_compiled$hoek))
anova5 <- aov(model5)
summary(anova5)
## Turkey post-hoc
TukeyHSD(anova5)
```
### 1.3.2. Bespreking van de resultaten Anova
Voor **post-metamorfen** (metamorfen en adulten) detecteren we geen significante impact van de hoek en de net-verhoging. Als we de post-metamorfen opsplitsen blijkt dat er duidelijke verschillen zijn voor adulten en metamorfen.
Voor **adulten** is er een duidelijke significante voorkeur voor een verhoogd net (p = 0) alsook een fuik in een hoek van 45° (p = 0). Een fuik in een hoek van 90° geeft de slechtste resultaten (45°>00°>90°).
Voor **metamorfen** detecteren we geen significante impact van de hoek en de net-verhoging.
Het vangstsucces van de **larven** is voornamelijk beinvloed door de hoek van de fuik (p = 0.005), een voorkeur wordt hierbij gegeven voor een hoek van 45° (p = 0.004). Daarnaast verhoogt ook het verhogen van het net het vangstsucces (p = 0.03) al is dit niet zo uitgesproken als bij de adulten.
De **algemene conclusie** is dat het plaatsen van fuiken, ongeacht het doel-stadium, best gebeurd in een hoek van 45° met een verhoogd net. Als alternatief kunnen de fuiken parallel geplaatst worden. Het plaatsen van fuiken loodrecht op de oever heeft potentieel een negatief effect op het vangstsucces. Dit is het meest uitgesproken bij de larven en de adulten. Wel dient er enige voorzichtigheid m.b.t. het lage aantal vangsten met een hoek van 90° (n = `r n_lood`) aan de man gebracht worden.