MSYS2基於Cygwin，解決了Cygwin包升級、管理不便的問題。
MSYS2採用ArchLinux的pacman作爲包管理器，能夠方便、簡單地升級、管理已安裝的軟件包。
從http://www.msys2.org/頁面下載安裝包。
官方頁面提供了包含安裝器的版本，安裝完成後即可使用。
MSYS2亦提供了免安裝版本，從以下地址下載：
https://mirrors.ustc.edu.cn/msys2/distrib/msys2-x86_64-latest.tar.xz
下載完成後解壓文件，將[解壓路徑]/bin目錄加入PATH即可。
倉庫與源的配置與ArchLinux類似。
倉庫配置文件爲/etc/pacman.conf。
MSYS2共提供了三個倉庫：
- 基於
Cygwin的msys倉庫 - 基於
Mingw的mingw32、mingw64倉庫
軟件源配置文件爲/etc/pacman.d/mirrorlist.*，*對應倉庫的名稱，每個倉庫擁有一個源配置。
由於GFW，官方源不穩定，推薦使用中科大的源，在源配置中添加：
Server = https://mirrors.ustc.edu.cn/msys2/msys/$arch # mirrorlist.msys
Server = http://mirrors.ustc.edu.cn/msys2/mingw/i686 # mirrorlist.mingw32
Server = http://mirrors.ustc.edu.cn/msys2/mingw/x86_64 # mirrorlist.mingw64pacman移植自ArchLinux，操作指令與ArchLinux完全相同。
安裝一些常用的包：
> pacman -S nano gcc gdb grep gawk make python git diffutils nasm sqlite tree
<!-- vim、tar、python2、binutils、openssh 會作爲依賴自動安裝 -->安裝man手冊：
> pacman -S man-pages-posix <!-- 安裝Unix API的文檔man手冊 -->刪除一些用不到的默認包：
> pacman -Rsnc flex gawk bash-completion catgets bsdtar rebase pkgfile pax-git repman-git pcre tzcode lndir crypt bsdcpio filesystem util-linux mintty
msys倉庫中的包會被安裝在/usr目錄下。
mingw*倉庫中的包會被安裝在/mingw*目錄下。
MSYS2中默認的語言環境是C，需要自行設置正確的locale，設置方式類似於Linux。
在Windows的環境變量設置里加入個人環境變量，對應MSYS2工具會從Windows系統的環境變量中讀取信息。
添加如下環境變量：
- 環境變量名稱：
LC_ALL - 環境變量值：
zh_CN.UTF-8
在啓用了Linux Subsystem的系統中，Linux Subsystem提供的bash優先級高於MSYS2提供的bash。
在更新msys2-keyring時，會調用更新腳本pacman-key，該腳本默認使用bash執行，
若等使用Linux Subsystem提供的bash會因環境不匹配而導致執行失敗。
pacman指令會因爲密鑰庫更新失敗不能正常地更新倉庫信息。
解決方案是安裝zsh，將pacman-key腳本的執行Shell切換到zsh。
編輯[MSYS根路徑]/usr/bin/pacman-key文件，原內容：
#!/usr/bin/env bash
...修改爲：
#!/usr/bin/env zsh
...之後重新執行pacman-key再次初始化密鑰庫即可正常更新pacman倉庫數據：
$ pacman-key --init
$ pacman-key --populate
Windows在不同時期曾以不同形式支持了部分POSIX特性。
Windows NT初版開始提供了Microsoft POSIX subsystem，
該POSIX子系統實現了POSIX 1標準（IEEE Std 1003.1-1990）。
因爲POSIX交互環境相關内容在POSIX 2中才標準化，
故Windows的POSIX子系統并未提供任何POSIX Shell以及Unix命令行工具。
自Windows XP/Windows Server 2003開始，POSIX子系統被
Windows Services for UNIX (SFU)替代。
SFU後續亦停止更新，Windows 10之後開始引入WSL，作爲新的Windows POSIX子系統。
在Windows 10週年更新Version 1607中引入了Linux Subsystem（簡稱LXSS），
之後Version 1709中正式發布定名Windows Subsystem for Linux（簡稱WSL）。
啓用LXSS需要執行以下步驟：
設置中啓用開發人員模式。啓用或關閉Windows功能中勾選適用於Linux的Windows子系統。- 在CMD中輸入bash指令，按照提示即可進入子系統安裝步驟。
LXSS的安裝路徑爲[用戶目錄]/AppData/Local/Lxss。
默認資源管理器配置下，該目錄不可見，需取消勾選隱藏受保護的操作系統文件(推薦)選項方可顯示此目錄。
在LXSS中，Windows分區會被掛載到/mnt路徑下。
LXSS使用lxrun工具管理環境：
> lxrun /install <!-- 安裝子系統 -->
> lxrun /uninstall <!-- 移除子系統，默認情況下保留`/home`和`/root`目錄，指令搭配`/full`參數則執行完全卸載 -->
> lxrun /update <!-- 更新子系統的包索引 -->
> lxrun /setdefaultuser <!-- 配置子系統用戶 -->從Windows Version 1709（2017秋季創意者更新）開始，LXSS正式脫離Beta版本，正式名稱為WSL。
從1709版本開始，應用商店中直接提供WSL發行版應用下載。
同時，WSL也不僅限於Ubuntu發行版，還提供了openSUSE和SUSE Linux Enterprise Server。
在1709中lxrun工具依然保留，但已不推薦使用，提示該工具已被廢棄。
應用商店中提供的WSL不在[用戶目錄]/AppData/Local/Lxss路徑下。
1709中的WSL新特性：
- WSL系統發行版部分直接以應用商店APP的形式存在，安裝卸載更加方便。
- 支持在bash中直接執行
*.exe可執行文件。 - 環境變量中添加Windows的PATH，位於PATH中的Windows工具亦可直接調用。
WSL基於API轉發，詳細實現機制參考博客Windows for Linux Nerds， 以及微軟官方文檔。
WSL基於API轉發的實現存在一系列問題：
- file system performance（文件系統性能）
- full system call compatibility（完整的系統調用兼容性）
為了改善這些問題，微軟提出了基於虛擬化技術的WSL2。
WSL2需要Windows Version 1903或更高的版本。
關於WSL/WSL2的對比，參見微軟官方文檔。
WSL2不再作爲Windows Features提供（Windows Features中的WSL依舊存在，但不必開啓），
而是直接以應用形式提供（不在綁定系統，便於快速更新）；
lxrun工具現在亦已被移除，現在使用wsl指令進行管理WSL環境：
> wsl --help
> wsl --status <!-- 查看當前WSL狀態 -->
> wsl --update <!-- 更新WSL -->
> wsl --shutdown <!-- 關閉WSL虛擬機 -->
> wsl -l/--list
> wsl -d/--distribution <!-- 進入指定發行版 -->WSL2的各類發行版均運行在微軟的Common Base Linux Mariner上，進入該環境，執行：
> wsl --system
通過應用商店安裝的WSL環境，在刪除WSL APP后，對應發行版的文件系統存儲依舊會保留， 完全移除指定發行版的文件系統存儲，執行：
> wsl --unregister 發行版名稱
WSL version 0.67.6
開始支持systemd，應用商店中的Ubuntu發行版已直接開啓了systemd支持，
其它發行版可手動創建/etc/wsl.conf配置文件，添加下列内容：
[boot]
systemd=true之後關閉WSL虛擬機（wsl --shutdown），重新進入WSL環境即可。
Linux Subsystem與Msys等有着本質區別：
MSYS2是傳統的Unix工具鏈的Windows版本移植，工具均爲PE32/PE32+（Windows二進制格式）的程序。Linux Subsystem是運行在Windows內核上的完整Linux子系統，軟件包均爲ELF（原生Linux二進制格式）程序。
-
優勢：
Linux Subsystem是完整的Linux發行版（
Bulid 14393.10內置的子系統基於Ubuntu 14.04）。 Linux Subsystem直接使用Ubuntu官方源，能夠使用幾乎所有Ubuntu軟件包。 -
劣勢：
Linux Subsystem需要使用
Bash Launcher進入獨立的Linux環境。 Linux Subsystem環境與Windows環境相互獨立存在， 早期的LXSS與宿主的Windows系統幾乎不存在任何交互； 1709版本之後有部分改進，WSL的Linux Shell可訪問Windows程序，但依舊存在較多限制。 Linux Subsystem下的Unix工具如同Linux原生程序一樣區分大小寫、不支持Windows格式的路徑。
-
優勢：
MSYS2將傳統Unix工具直接編譯爲Windows PE32/PE32+可執行格式，可直接在CMD中調用。MSYS2移植的Unix工具能夠直接支持Windows格式的路徑，與現有的Windows環境無縫交互。MSYS2環境全在一個目錄中，可直接拷貝到其它機器中使用，無需重複配置，開箱即用。 -
劣勢：
MSYS2源中移植到Windows平臺的Unix工具數目有限。
Wine是POSIX兼容系統（Linux、macOS、*BSD等）下的一套Windows應用兼容層。 Wine的實現類似於反向的WSL1，將Windows API調用轉換爲POSIX調用，相比傳統的虛擬機方式， API轉換的實現通常具備更好的性能和更低的內存佔用。
Wine在多數主流發行版中可直接安裝：
# pacman -S wine <!-- Arch系-->
# brew install wine-stable <!-- macOS -->Wine會在~/.wine路徑下創建Windows環境需要的文件和配置，
~/.wine/drive_c子路徑對應Windows系統下的C盤，目錄結構相同。
Wine常用指令：
<!--
Wine同時支持使用Windows風格或Unix風格的路徑啓動程序
wine "C:\Program Files\Tencent\WeChat\WeChat.exe"
wine ~/.wine/drive_c/Program\ Files/Tencent/WeChat/WeChat.exe
-->
$ wine windows可執行程序
<!-- 常用內置程序 -->
$ wine regedit <!-- 註冊表 -->
$ wine uninstaller <!-- 程序卸載面板 -->
$ winecfg <!-- 調整環境配置、主題風格等 -->默認配置下，Wine未集成中文字體，執行需要顯示中文字體的軟件時，中文字體會變成口口。 該問題有以下解決方案：
-
複製原版字體
從原版Windows系統中複製
ms*以及sim*系列字體到~/.wine/drive_c/windows/Fonts路徑下即可。 字體示例：$ ls msgothic.ttc msjhl.ttc msmincho.ttc msyhl.ttc msyi.ttf simhei.ttf simsunb.ttf msjhbd.ttc msjh.ttc msyhbd.ttc msyh.ttc simfang.ttf simkai.ttf simsun.ttc -
修改註冊表指定自定義字體
需要將自定義的中文字體存放在
~/.wine/drive_c/windows/Fonts路徑下； 之後編寫如下所示的註冊表(*.reg)文件，指定字體名稱（字體文件名稱，以文泉驛微米黑字體爲例）：REGEDIT4 [HKEY_LOCAL_MACHINE\Software\Microsoft\Windows NT\CurrentVersion\FontLink\SystemLink] "Lucida Sans Unicode"="wqy-microhei.ttc" "Microsoft Sans Serif"="wqy-microhei.ttc" "MS Sans Serif"="wqy-microhei.ttc" "Tahoma"="wqy-microhei.ttc" "Tahoma Bold"="wqy-microhei.ttc" "SimSun"="wqy-microhei.ttc" "Arial"="wqy-microhei.ttc" "Arial Black"="wqy-microhei.ttc"其中
wqy-microhei.ttc可替換爲其它合適的中文字體。
多數發行版默認提供的Wine版本爲32位，32位的Wine可執行16/32位的Windows程序； 運行64位Windows程序需要wine64，wine64亦可執行32位Windows程序，但需要配置額外的32位依賴庫。
當前wine64的成熟度和穩定性不如wine。
Bottles是GTK實現的Wine前端，為Wine提供了友好的操作介面。
Bottles支持管理多組Wine環境，配置和數據位於~/.local/share/bottles路徑下。