diff --git a/ete3/ncbi_taxonomy/ncbiquery.py b/ete3/ncbi_taxonomy/ncbiquery.py index a08070900..df0627cc6 100644 --- a/ete3/ncbi_taxonomy/ncbiquery.py +++ b/ete3/ncbi_taxonomy/ncbiquery.py @@ -749,6 +749,9 @@ def update_db(dbfile, targz_file=None): local_md5 = md5(open("taxdump.tar.gz", "rb").read()).hexdigest() if local_md5 != md5_check: do_download = True + print('Updating taxdump.tar.gz from NCBI FTP site (via HTTP)...', file=sys.stderr) + urlretrieve("http://ftp.ncbi.nih.gov/pub/taxonomy/taxdump.tar.gz", targz_file) + print('Done. Parsing...', file=sys.stderr) else: print('Local taxdump.tar.gz seems up-to-date', file=sys.stderr) else: