Google colab notebooks for typical MD trajectory analysis routines with Python まずはMDデータ解析の雰囲気を知るためにスパコンコロキウムの第4回の動画を視聴してから取り組んでください。 このチュートリアルを独習したい場合は、過去のセミナーの動画(研究室内限定の公開)を視聴しながら学習してください。 00 Preprocess 01 MDTraj basics 02 MDTraj atom selection 03 Geometry analysis 04 Superpose of trajectories 05 Dimensional reduction 06 Clustering (on-going...) 07 Hydrogen bonds (on-going...) 08 Free energy analysis (on-going...) 09 Markov state modeling (on-going...)
