01-chap1.Rmd

\mainmatter

# 绪论 {#chap0}

The eukaryotes (0.8–3 µm) are a taxonomically diverse group that includes representatives from four algal phyla: the Chlorophyta, Haptophyta, Cryptophyta and Heterokontophyta (Vaulot et al., 2008).[@buitenhuis2012picophytoplankton]

很高兴地宣布，我的 R 语言扩展包 'bookdownplus' [@R-bookdownplus] 在 CRAN 正式发布了。

bookdownplus 是对 bookdown 包 [@R-bookdown] 的增强和简化。bookdown 就好比 Microsoft Word 或 LaTeX，可以用来写文档，而 bookdownplus 提供了很多有用的模板，可以很方便地在 bookdown 平台写期刊论文、学位论文、学术海报、化学分子式、信件、日记、日历、诗集、吉他谱等各种常用文档和书籍。这是功能上的增强（+）。

bookdownplus 使用时只需指定一个模板，给定作者和书名，就可以一键生成模板文件，用户在模板文件里照猫画虎写自己的文字就可以了，不必再花力气上网找模板、设置 YAML 和 LaTeX。这是操作上的简化（-）。 

bookdownplus 各个模板的使用方法详见 [R bookdownplus Textbook](https://bookdown.org/baydap/bookdownplus)。这本电子书本身就是用 bookdownplus 生成的，尤其是它的 [pdf 版本](https://bookdown.org/baydap/bookdownplus/bookdownplus.pdf)很美观。此书的源码开放，可以作为使用 bookdownplus写书的示例。

```{r co2, echo=FALSE, out.width='80%', fig.cap='用 R 语言画个图试试', fig.align='center',fig.pos="H"}
plot(co2)
```


图 \@ref(fig:co2) 是 CO~2~ 数据。


表 \@ref(tab:tabair) 是空气质量数据。

```{r tabair}
knitr::kable(head(airquality), caption = '空气质量数据。',
                   booktabs = TRUE)
```


表 \@ref(tab:md) 是常用 markdown 语法。

Table: (\#tab:md) Markdown 语法

标记示例                            输出
------------------------------- -----
`*italic*`                         斜体 *italic*
`**粗体**`                       **粗体**
`CO~2~`                          下标（CO~2~）
`R^2^`                           上标（R^2^）
`[网站](http://xuer.pzhao.net)`  超级链接[网站](http://xuer.pzhao.net)
`<xuer@pzhao.net>`               邮件链接 <xuer@pzhao.net>
`![](http图片链接)`              插入图片
`> 引用文字`                     引用
`` `plot()` ``                   行间代码
四个空格                         整行代码
三个反引号                       区块代码
`# 第一章`                       章节标题
`1. 列表...`                     带编号的列表
`- 列表...`                      不带编号的列表
`^[脚注]`                        脚注^[脚注]



材料与方法

## 准备

在开始前，需要安装 R, RStudio, bookdown，和其他依赖的软件和包(例如 `Pandoc`, LaTeX, `rmarkdown`, `rticle`, `knitr`等)，作为准备。详见 [bookdown 官方手册](https://bookdown.org/yihui/bookdown/)。

## 安装

准备完毕后，就可以安装 bookdownplus 了。可以安装稳定版：

```
install.packages("bookdownplus")
```

或开发版：

```
devtools::install_github("pzhaonet/bookdownplus")
```

## 生成模板文件

接着，在 R 中运行下面的代码：

```
bookdownplus::bookdownplus()
```

这时，在你的工作目录（`getwd()`），会得到一些模板文件（如 `index.Rmd`，`body.Rmd`， `bookdownplus.Rproj`） 和文件夹。

## 编译成书

用 RStudio 打开 `bookdownplus.Rproj`文件，然后按 `ctrl+shift+b`，Duang！你就得到模板书  `*.pdf`了！保存在 `_book/` 文件夹里。


## 你的文字

在 `index.Rmd` 和 `body.Rmd` 里写你自己的文字，享受写书的快乐吧！自古皆死，不朽者文。


## 更多输出格式

模板默认生成的书是pdf格式。'bookdownplus' 从 1.0.3 开始，可以很方便地输出更多格式，包括国内最常见的 'word'格式，网页'html'格式和电子书'epub'格式，只需运行：

```{r, eval=FALSE}
bookdownplus::bookdownplus(template = 'article', 
    more_output = c('html', 'word', 'epub'))
```

就可以在 `_book/` 文件夹里看到这些文件了。

网页格式可以极其方便地免费发布到 [bookdown.org](https://bookdown.org)，只需运行：

```
bookdown::publish_book()
```

这里是 bookdown 书籍的大本营。

## 更多建议

我开发的另外两个 R 包可以配合 'bookdown' 使用：

- mindr，可以从 markdown 或 R markdown 格式的书稿中提取纲要，并且生成思维导图。

- pinyin，可以为书稿的章节标题自动生成['{#ID}'](https://bookdown.org/yihui/bookdown/cross-references.html)。如果标题里含有汉字，就会自动转换成拼音。

具体用法见他们的帮助信息。这两个包已经在 CRAN正式发布，安装命令是：

```
install.packages('mindr')
install.packages('pinyin')`.
```