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database_creation #1
Comments
Hello,
Sorry for the late reply. You can create the database from a fasta file,
following the steps in the link below:
https://ncbi.github.io/magicblast/cook/blastdb.html
Regards,
Ary
El lun, 4 abr 2022 a la(s) 22:24, vipmenon ***@***.***)
escribió:
… would it be possible to share how the databases were built. To make
specific database based on the project requirement?
Thank you
—
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<#1>, or unsubscribe
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*Aviso legal:* El contenido de este mensaje y los archivos adjuntos son
confidenciales y de uso exclusivo de la Universidad Nacional de Colombia.
Se encuentran dirigidos sólo para el uso del destinatario al cual van
enviados. La reproducción, lectura y/o copia se encuentran prohibidas a
cualquier persona diferente a este y puede ser ilegal. Si usted lo ha
recibido por error, infórmenos y elimínelo de su correo. Los Datos
Personales serán tratados conforme a la Ley 1581 de 2012 y a nuestra
Política de Datos Personales que podrá consultar en la página web
www.unal.edu.co <http://www.unal.edu.co/>.* *Las opiniones, informaciones,
conclusiones y cualquier otro tipo de dato contenido en este correo
electrónico, no relacionados con la actividad de la Universidad Nacional de
Colombia, se entenderá como personales y de ninguna manera son avaladas por
la Universidad.
|
Thank you. How was the |
Hello,
At that time I did web scraping through Python from NCBI Nucleotide
<https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore>. But now, almost all the information
can be extracted in a predetermined format from NCBI Virus
<https://www.ncbi.nlm.nih.gov/labs/virus/vssi/#/virus?SeqType_s=Nucleotide&SourceDB_s=RefSeq>
:
[image: image.png]
El lun, 11 abr 2022 a la(s) 11:14, vipmenon ***@***.***)
escribió:
… Thank you. How was the path_to_db_tsv file generated? The file is located
in Database filename : database_viral.tsv
—
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