snakemakeのTUTのHPCクラスタ（xdev）用設定ファイル

クラスタについて

https://hpcportal.imc.tut.ac.jp/wiki/

Snakemake

https://snakemake.readthedocs.io/en/stable/

Snakemakeの設定ファイルの配置

このリポジトリにあるファイルをダウンロードまたはcloneする。 pbsproディレクトリの中身（Snakemakeのプロファイル）を設置する。

mkdir -p ~/.config/snakemake
cp -r pbspro ~/.config/snakemake/

実行方法

testディレクトリの中でテスト実行ができる。

snakemake --profile pbspro --cluster-config cluster.json

対応しているジョブの設定値

Snakemakeのタスクそれぞれがバッチジョブとして投入される。

cluster.jsonでの設定：

queue

投入するキューの名前

opt

その他追加したいqsubのオプション文字列

各taskのresourcesセクションでの設定：

nodes

そのジョブが利用するノード数

mem_mb

利用するメモリ量(MB単位)

ngpus

ノードあたりのGPUの数

walltime_hour

ジョブ実行時間（1時間単位）

threadsセクションで設定：利用CPU数