improve rsync command #40
Conversation
bin/ConcordanceCheck.sh
Outdated
| # Adding concordance pipeline version into .sample file. | ||
| echo -e "concordanceCheckVersion\n${concordanceCheckVersion}" > "${concordanceDir}/results/${concordanceCheckId}.ConcordanceCheckVersion" | ||
| paste "${concordanceDir}/results/${concordanceCheckId}.sample" "${concordanceDir}/results/${concordanceCheckId}.ConcordanceCheckVersion" > "${concordanceDir}/results/${concordanceCheckId}.tmp" | ||
| mv -v "${concordanceDir}/results/${concordanceCheckId}."{tmp,sample} | ||
| rm "${concordanceDir}/results/${concordanceCheckId}.ConcordanceCheckVersion" |
There was a problem hiding this comment.
| # Adding concordance pipeline version into .sample file. | |
| echo -e "concordanceCheckVersion\n${concordanceCheckVersion}" > "${concordanceDir}/results/${concordanceCheckId}.ConcordanceCheckVersion" | |
| paste "${concordanceDir}/results/${concordanceCheckId}.sample" "${concordanceDir}/results/${concordanceCheckId}.ConcordanceCheckVersion" > "${concordanceDir}/results/${concordanceCheckId}.tmp" | |
| mv -v "${concordanceDir}/results/${concordanceCheckId}."{tmp,sample} | |
| rm "${concordanceDir}/results/${concordanceCheckId}.ConcordanceCheckVersion" | |
| # Add ConcordanceCheck pipeline version to *.sample file. | |
| printf '\nconcordanceCheckVersion\n%s\n' "${concordanceCheckVersion}" >> "${concordanceDir}/results/${concordanceCheckId}.sample" |
There was a problem hiding this comment.
Dat toevoegen van de versie van de ConcordanceCheck pipeline kan makkelijker met printf en rechtstreeks toevoegen aan bestaand bestand. Het format voor printf is een beetje een gok. Ik weet niet of je eerst een \n moet toevoegen of dat dat er al in zat. Kortom, mogelijk heb je genoeg aan
'concordanceCheckVersion\n%s\n'
There was a problem hiding this comment.
beide suggesties werken niet, schrijft onderaan de file regels bij ipv extra kolom achteraan de file wat hier gebeurd. Krijg het met awk met een dikke oneliner wel in 2 regels voor elkaar maar wordt er niet leesbaarder van. Dit werkt op zich prima toch
There was a problem hiding this comment.
ik zou het persoonlijk wel met awk doen hoor:
awk -v c="${concordanceCheckVersion}" '{if (NR>1){print $0"\t"c}else {print $0"\tConcordanceCheckVersion"}}' "${concordanceDir}/results/${concordanceCheckId}.sample" > "${concordanceDir}/results/${concordanceCheckId}.sample.tmp"
mv "${concordanceDir}/results/${concordanceCheckId}.sample{.tmp,}
heb je ook geen "last" van die extra ConcordanceCheckVersion file die je nog extra maakt.
| ngs.vcf should be in /groups/${NGSGROUP}/${PRM_LFS}/concordance/ngs/. | ||
| array.vcf should be in /groups/${ARRAYGROUP}/${PRM_LFS}/concordance/array/. | ||
| ngs projects should be in /groups/${NGSGROUP}/${PRM_LFS}/projects. | ||
| array projects should be in /groups/${ARRAYGROUP}/${PRM_LFS}/openarray/. |
There was a problem hiding this comment.
Dat geldt alleen voor de OpenArray projects. Is het nog zo te maken dat dit ook werkt voor GSA of andere arrays?
There was a problem hiding this comment.
Dat kan als je de array naar een vcf converteert en een juiste bedfile en jobfile aanlevert kan de concordance pipeline dat prima. Maar dat gaan niet vanzelf en in nu ook niet iets wat voor validatie binnen de scope valt. En daar hebben we ook al een gevalideerde pipeline voor draaien voor de tijd dat die GSA nog gebruikt wordt.
bin/ParseDarwinSamplesheet.sh
Outdated
| _projectId="${_projectId}" | ||
| fi | ||
|
|
||
| log4Bash 'WARN' "${LINENO}" "${FUNCNAME[0]:-main}" '0' "Try to find: /groups/${NGSGROUP}/prm0"*"/projects/${_projectId}*${_postfix}" |
There was a problem hiding this comment.
ik denk dat dat sterretje tussen prm0"*" even geUNquote moet worden
| @@ -138,13 +144,45 @@ fetch_data () { | |||
| else | |||
| _fileType='BAM' | |||
| fi | |||
| elif [[ ! -d "${_searchPath[0]}" ]] | |||
| then | |||
| _searchPath=("/groups/${NGSGROUP}/prm0"*"/projects/${_projectId}"*"${_postfix}/run01/results/concordanceCheckSnps/") | |||
There was a problem hiding this comment.
en wat nou als dit searchPath ook niet bestaat, crashed ie dan?
There was a problem hiding this comment.
nee hoor. Wordt de volgende geprobeerd.
Gerbenvandervries
requested review from
RoanKanninga
and removed request for
pneerincx
No description provided.