BASEPH

Les fonctions de base pour un projet simple de recherche clinique en R, particulièrement adapté pour une thèse ou un mémoire de DES. Si vous travaillez sur un PHRC ou une phase III ça va être un peu court !

Si tout cela vous effraie je peux vous aider. Plus de renseignements sur https://docteur-michel.fr.latexr.

Vous pouvez me contacter via un simple mail à docphilmstat@gmail.com ou un message sur Twitter & je vous répondrai dans les plus brefs délais.

Installation

> library("remotes")
> remotes::install_github("philippemichel/baseph")

Beaux noms

Pour les graphiques, possibilité d'avoir les intitulés vrais des variables & non les codes. Il vous faut alors créer une liste des beaux intitulés. C'est lors de l'import du csv principal par la fonction debutph que ces labels seront importés par exemple :

 > library(labelled)
 > bnom <- read.csv("datas/bnom.csv") # Import des intitulés (tableau à deux colonnes : 'nom' & 'code' par ex.).
 > bnom <- bnom$nom 
 > ttd <- debutph("datas/drepa2.csv", bnom) #Import des données avec insertion des labels.

Dans les fichiers d'exemple, les données (fictives) sont dans le fichier "patients" & les beaux noms dans le fichier "bnom", variable "nom".

Tests statistiques

Les tests ou simplement l'affichage peuvent, pour les variables numériques, être présentés en moyenne ± écart-type ou en médiane (quartiles). Les variables discrètes sont rendues en n (%).

Tableaux

La sortie sera meilleure pour du PDF via $\LaTeX$ si on passe par KableExtra par exemple via la fonction gexptabph (pour les tableaux trop larges mais longtable n'est pas géré) ou pexptabph qui permettent de gérer l'export en .xls au besoin & la sortie en longtable. On va donc avoir quelque chose comme :

 > library(gtsummary)
 > library (kableExtra)
 > patients |> 
      tbl_summary(...) |> 
      tabph(nomv = "Traitements", normx = TRUE) |>
      pexptabph(exp = FALSE,
                nomfich = "export.xls",
                nomsheet = "demo",
                lg = FALSE)

Autres aides :

• listrandph listes de randomisation multicentre, blocs variables.
• beaup Écrire un p = 0,05 esthétique avec p< 0,001 si nécessaire.
• bmiph Couper en facteurs un BMI numérique, version française & anglaise.
• tabph Amélioration esthétique d'un tableau généré via gtsummary avec variable de tri & tests statistiques.
• debph Chargement des libraries de base, réglage des tableaux pour les variables numériques (normales ou pas).

Graphiques

• barconfph Graphique en barres avec intervalle de confiance pour une variable numérique (y) & une variable factorielle de tri (x).
• barsimpleph Graphique en barre exprimé en % des modalités pour une variable factorielle (x)
• bardecph Même graphique que barsimpleph mais les % sont en ordre décroissant
• barouiph Graphique en barre avec barres d'erreur. Une variable binaire (oui/non) exprimée en % d'une modalité (oui par ex.) pour chaque modalité de l'autre variable.
• vioboxph Graphique en violon avec un box -plot intégré.
• pyrph Pyramide des âges. La fonction epiDisplay::pyramid() donne aussi un très bon rendu. (en travaux)
• barpcph Graphique en barre avec une variable en % pour chaque niveau de l'autre variable.
• lollipph Graphique lollipop de distribution d'une donnée factorielle avec éventuelle mise en évidence d'un ou plusieurs niveaux.

Calcul du nombre de sujets nécessaires

• nbobsph Enquête simple sans test.

Jeu de données

Un jeu de données est fourni pour exemple :

• Patients Escarres en réanimation chez la personne âgée (données fictives).
• bnom Les labels propres des variables (pour utiliser avec le package labelled):
  • code Code utilisé dans R (ex : igs)
  • nom Beau label pour les tableaux, figures etc. (ex : IGS 2)

ÉVOLUTION

Branche TABLEAUX

Supprimée pour l'instant. J'avais écrit des fonctions pour gérer créer divers tableaux mais le package gtsummary est bien plus simple d'emploi avec de très beaux résultats. J'ai juste gardé les fonctions pexptabph & gexptabph pour la sortie via kableExtra & l'export en .xls & tabph qui met en forme le tableau généré par gtsummary.